現在、地下水などは農薬やゴミの焼却、埋立てなどにより、トリハロメタンやトリクロロエチレン、ＰＣＢなどの汚染がみられます。水道水も塩素処理しなければ飲用水とは認められません。そうした塩素処理を行ってもカビ臭がしたり、塩素臭が残っていたりします。

また、基準以下ではありますが、そのほかにも様々な物質による汚染にさらされています。しかし、深層水は極端にいってしまえば、そのまま飲むことが可能なほど清浄性に優れています。
深層水は、そもそも腐植性の有機物がほとんどなく、また、極めて清浄なことから塩素殺菌の必要もありません。